お使いのパソコンによって、接続をシリアルにするのか、USBにするのかを決めてかまわないようです。
ただし、USBのほうが動作が不安定との情報もあります。

ケーブルとソフトを含めて、３００ドル程度（現地価格）になります。
国内のセカンドウインドで買う場合、4万弱です。

これらのケーブルは、ケーブル+VAG-COMの使用料が一緒になっており、
車にケーブルをつないだ時点で登録（レジストレーション）は自動的に済む仕掛けになっています。
これによって、ネットを介してソフトを登録したり、活性化したりという面倒な手続きが不要になっています。

もし、ケーブルを自作したり、どっかで入手したりすると、
VAG-COMソフトの基本的な機能を試すための「お試しバージョン」のみの使用制限がかかるようになっているようです。
このような場合、１００ドルほどをRossTeck社に払うと、使用制限が解除される暗号を送ってくれるようです。

そのため、最初から正規ケーブルを購入したほうが、良いと思います。

アメリカ ペンシルベニア州のコンピューターソフトメーカーのサイト
海外通販も可能。

http://www.ross-tech.com/products.html

日本国内のサイト、Ross-Teck社製品などを日本国内で販売している。
VAG-COMの日本語訳も行なうなど、この分野のエキスパート。
当然日本語でサポートしてくれるので、英語に自信がなければ 迷わずここでしょう！
Ross-Teck社へのユーザー登録なども代行してくれるので、英語は必要ありません。
http://www.second-wind.jp

セカンドウインドさんからの注意点としては、

１９９７年以降の車で社外ステレオを後付けしている場合
1997年からVW/Audi はステレオからの情報をECUで処理できるようなシステムを導入しました。　この「Kライン」と呼ばれるシステムに対応した純正ステレオを社外品に交換している場合、コンピューター診断ツールを壊してしまう恐れがあります。
HEX-COM またはHEX-USB にはこのトラブルを防ぐための安全機能が付いています。 OBD ポートコネクター部についているLEDです。 イングニションをオンにしてOBD ポートにHEX-COM またはHEX-USB を接続したとき、このLED が赤く点灯したら読み取り作業は中止してください。 LED が緑に点灯すれば問題ありません。

Windows２０００ SP１（ServicePack1)を使用している場合
Windows２０００ SP1 はVAG-COM と相性が良くないようです。 もしこのOS を使用している場合は、Service Pack 2 またはService Pack 3 に変更してください。

シリアルポートのないPCでHEX-COMを使用する場合
Quatech SSP-100 PCMA カードを使用してください。 この製品以外の変換アダプターではVAG-COM が正常に機能しない恐れがあります。

VAG-COMはECUの情報を読み取るためのツール（道具）にすぎません
VAG-COM はECU の全てのデータを読み取ることができます。 しかし、そのデータがどういう意味を持っているかについて、全ての車種の全てのデータについて説明することはできません。　これにはディーラーのリペアマニュアルが必要です。 VAG-COM はあくまでECU の情報を取り出すため道具であり、そのデータをどう利用するかは各ユーザーのアイディアに任されています。